Rođen je 1. avgusta 1952. u Bosanskom Šamcu. Gimnaziju je završio u Beogradu 1970.
Studirao je filozofiju i 1974. diplomirao je na Filozofskom fakultetu u Beogradu, a 1979. doktorirao na Univerzitetu u Konstancu.
Govorio je da je studirao filozofiju dvadeset sati dnevno i da je istovremeno pohađao studije istorije umetnosti, sociologije i ekonomije. Na prvom času na Filozofskom fakultetu sukobio se s komunistima jer je tvrdio da veliki Marks ne da nije najveći, već uopšte nije filozof. Drugi veliki i značajniji sukob imao je s policijom zbog organizovanja "ilegalnih aktivnosti u studentskoj organizaciji protiv komunista, zbog čega je sam putovao po celoj Jugoslaviji". Zbog tih aktivnosti bio je i osuđen, čak se i Vili Brant, nemački kancelar, zauzimao za njega pa se, umesto u zatvoru, našao u Nemačkoj. Doktorirao je na tezi "Problemi utemeljenja kritičke teorije društva" kod Jirgena Habermasa.
Bio je viši naučni saradnik u Centru za filozofiju i društvenu teoriju u Beogradu, poslanik u sva tri višestranačka saziva Narodne skupštine Republike Srbije i Veću republika Skupštine SRJ. Bio je profesor na Filozofskom fakultetu u Novom Sadu.
Napisao je sledeća dela: "Subjektivnost i nasilje", "Jesen dijalektike", "Jugoslavija kao nedovršena država" i "Srbija ni na Istoku ni na Zapadu". Preveo je mnoga filozofska dela i autor je velikog broja novinskih prikaza.
Nikada nije bio član Saveza komunista. Ipak, politikom se bavio sve vreme, aktivno od 1989. kada je sa još 12 intelektualaca inicirao obnavljanje Demokratske stranke, a na Skupštini Stranke 1990. bio je jedan od osnivača. Septembra 1990. je izabran za predsednika Izvršnog odbora, a onda, januara 1994. postaje predsednik Demokratske stranke.
Za Demokratsku stranku je govorio da je kao preduzeće, nikako mesto za druženje, pojašnjavajući da svako u stranci mora da ima proizvod, "a to mogu biti plakat, poruka, kritika, nastup... i mora se znati ko taj proizvod koristi, da li je njime zadovoljan". Objašnjavao je ko može da bude političar: "Čovek, da bi se bavio politikom, mora da ima jak i čvrst karakter, autoritet, da ume da preseče, da se zameri, kaže 'ne' i da ga mrze, jer je to priroda politike. Neko ko isuviše ide na širenje simpatija, udvaranja i izbegavanja sukoba mora još mnogo da nauči da bi vodio jednu ozbiljnu stranku".
Za gradonačelnika Beograda izabran je 21. februara 1997. godine, ispred koalicije "Zajedno" koja je na lokalnim izborima 1996. odnela pobedu u više gradova u Srbiji.
U sudskom sporu sa predsednikom Vlade Republike Srbije Mirkom Marjanovićem, 20. septembra 1996. osuđen je na 4 meseca zatvora, uslovno na dve godine. Vrhovni sud Srbije 9. jula 1998. preinačio je presudu i izrekao novu u kojoj je osuđen na 7 meseci zatvora, uslovno na 3 godine.
Američki nedeljnik "Tajm" u septembru 1999. uvrstio ga je među 14 vodećih evropskih političara trećeg milenijuma.
U junu 2000. Đinđić je preuzeo funkciju koordinatora u Savezu za promene, a potom postao i šef centralnog izbornog štaba i koordinator promotivne kampanje DOS-a za izbore koji su održani 24. septembra 2000. Na tim izborima Đinđić je izabran za poslanika u Veću republika Skupštine SRJ.
Dobitnik je ugledne nemačke nagrade "Bambi" za 2000. u oblasti politike.
Za premijera Srbije izabran je 25. januara 2001. nakon pobede DOS-a na republičkim parlamentarnim izborima u decembru 2000.
Đinđić je avgustu 2002. u Pragu primio nagradu Fondacije "Polak" za doprinos razvoju demokratije u Srbiji. Nagrada se dodeljuje svake godine za doprinos sprovođenju demokratskih i ekonomskih reformi u Centralnoj i Istočnoj Evropi.
Voleo je takmičenja i provere. Bio je veoma strpljiv, obrazovan i pragmatičan. Trudio se da se ne ponavlja, birao bi jednu sliku, poruku, rečenicu i oko toga gradio priču. Priznavao je da nema pretenzija da kaže nešto epohalno, ali je smatrao da će ostati upamćen po velikim stvarima. Život nije mogao da zamisli bez ljudi jer ljudska komunikacija mu je bila potrebna kao uslov za proveru ideja i sposobnosti. Kod sebe je cenio spremnost da uči i priznaje greške, kao i spremnost da ih ispravlja, a kod drugih je cenio pouzdanost. Govorio je da nema poroka.
Dr Zoran Đinđić je ubijen 12. marta 2003. ispred zgrade Vlade Republike Srbije, zato što je pokušao da Srbiju oslobodi prošlosti i odvede je u budućnost.
Zoran Đinđić je iza sebe ostavio suprugu Ružicu, kćerku Jovanu i sina Luku.
